朝廷虽然开通了京杭大运河，但始终坚持着海道、河道并举的方式向北运粮，设置东海水师，自然需要囊括江南等主要产量区。
杨荣继续说：“臣以为广东水师可与交趾、南洋、旧港一起，划为南部水师。而东南水师，则以福建沿海、大琉球、小琉球为主。”
朱允炆看向李坚：“你是水师总兵，认为哪一种方略稳妥？”
李坚看着舆图，严肃地说：“东南水师若包含广东外海，多少显得力量过于分散，加之大琉球、小琉球需要水师往返，防区太大，反而容易出现疏漏。而广东水师与交趾相对，又直面南洋，臣以为，可将其并入南部水师。”
朱允炆看向铁铉、徐辉祖等，见没有人反对，便点头说：“既如此，那就依此设东海水师、东南水师与南部水师，三大水师各设总兵、副总兵等一应官职，总兵之上设水师都督府，独立在五军都督府之外，设都督、同知等官职，统筹大明所有水师事宜。”
一番话落，李坚、陈挥、耿璇等人兴奋了。
通过朱允炆的安排，水师俨然成为了一个独立的兵种，再不依附于五军都督府。最主要的是，水师都督府与三大水师的设置，需要提拔一大批武将充任，升官的时候到了，能不高兴吗？
水师都督自然是由现任水师总兵李坚担任，陈挥因对马岛军功等，擢升水师都督府同知，耿璇充任东海水师第一任总兵，身在大琉球岛的徐安充任东南水师第一任总兵，杜禹因镇守旧港多年，擢升为南部水师第一任总兵。
解决好将领、官员、防区之后，便是利益攸关的水师力量分配。
在郑和带走了三万多水师军士之后，水师经过扩编，再次达到了十万名额，具体来说，是十八个卫的规模——十万零八百人。
战船数量经多年沉淀，尤其是龙江船厂、清江造船厂等诸多船厂发力，不计郑和所部，此时水师拥有宝船四十艘，大中福船合计七百七十二艘，运粮船四百艘，日常巡查船等合计八百艘。
如何分配船只，事关各部水师强弱与话语权。虽说徐安、杜禹不在武英殿，若分配不公，他们也会闹到京师。
经过几个时辰的商讨与争论，朱允炆拍板，最终决定：
东海水师，治所北直隶天津港：
四个卫兵力，合两万两千四百军士，分宝船十艘，大中福船一百七十二艘，运粮船三百，其他船只二百。
东南水师，治所福建太平港：
七个卫兵力，合三万九千二百军士，分宝船十五艘，大中福船三百艘，运粮船二十，其他船只二百。
南部水师，治所交趾爱州港：
七个卫兵力，合三万九千二百军士，分宝船十五艘，大中福船三百艘，运粮船八十，其他船只四百。
这个方案有一个显然的问题，东海水师应该是最重要的，反而是划分之后最薄弱的。原因是朱允炆认为，迁都北平最少还需要六七年，在这段时间里，郑和率领的船队怎么也会返回，到时郑和的船队将全部并入东海水师，也可以确保京师附近水师力量的绝对优势。
南部水师的治所也是几次争论之后确定的，不少官员认为应该设在广州，或是阳江，但朱允炆、杨荣、杨士奇等人认为，南部水师的主要使命是控制南洋，选择在交趾爱州港，即可以确保南洋战略稳定，也可以确保交趾稳固。
水师三分，实现了水师力量的区域集中，强化了大明对大海的掌控。
就在众人认为一切都结束的时候，朱允炆出人意料地宣布，龙江船厂是大明的造船中心，大明将沿长江流域，设三座铁船造船厂，重点推动铁船制造，其中一座位于太平府，被朱允炆亲自命名为马鞍山造船厂……
太平府的铁矿不小，想要支撑起来铁船制造，就需要扩大产量。
朱允炆准备借此机会，沿长江一带，打造一些集群产业，以确保他日迁都北平之后，南京不会快速衰落。
大明想要发展大海，控制大海，南京是一个比较合适的位置，毕竟这里各种材料充分，矿产也多，没有的材料运输也方便，而北平那里，多少有些远了。
铁船厂的设置，标志着大明冶铁、锻造取得了巨大进步，也说明龙江船厂已经掌握了成熟的铁船制造技术，虽然制造周期有点长，中型福船样式都需五个月之久，但胜在维护成本低，质量好。铬矿的开采与应用，被证明有着很好的防腐蚀性，铁船制造已不成问题。唯一困扰大明的是，北平密云的铬矿产量有限，跟不上使用。
就在朱允炆发愁的时候，一艘大宝船，三艘中宝船，二十艘大福船的船队乘着东南风，驶入了交趾洋，补给物资之后，没有作休整，朝着福建沿海方向前进，直指京师……
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