自那之后，绫波丽再也没有和李林私下接触过。
她就像是平常那样，作为eva的驾驶员等待着，配合着治疗，即使零号机已经损毁也是一样。
这期间，发生了很多事情。
首先是李林消失了，没有任何理由, 但nerv基地中有传言，失踪的当天，第三新东京市内曾经出现过枪击案。
这个案子并没有被大众所熟知，只是在nerv中有着些许传闻。
但绫波丽却清楚，这一切八成都是真的。
奈欧斯的力量在这个世界是恐怖的，唯一一次看似竭尽全力也是因为两线作战的缘故, 而且, 面对的敌人也是同样来自于异世界的存在。
这种情况下, 想要决定人类命运之人自然会想尽办法的将奈欧斯排除在外。
但是，碇源堂应该不会贸然这么做，这样的做法太明显了。
那会是谁做的呢？
绫波丽不清楚，以她现在的认知能够思考到这一层已经是极限，虽然已经觉醒了被人类禁锢的记忆，但那些记忆对于她来说更像是远古洪荒时期留下的碎片而已，恍如隔世。
从没有学习过其他知识的绫波丽，即使是现在的状态，也心有余而力不足。
不过，现在的绫波丽，却诞生了新的困惑：
“为什么，你会这么宽容？”
是的，宽容。
明明有着决定整个人类, 甚至整个地球未来的他, 却对人类如此的宽容。
在遭到人类的攻击时, 面对使徒的到来，在nerv无力抵抗的情况下依旧挺身而出多次, 拯救了人类。
究竟是为什么？
一时间, 绫波丽对于李林的态度产生了好奇。
说起来, 绫波丽对于李林究竟是什么态度？
爱恋？似乎过了。
二人的接触始于那一次很普通的伴手礼，沐浴了光芒之后，绫波丽也只是对这份光产生了向往之情，接下来的接触中，这份感情也开始悄然变化，与其说是爱恋，倒不如说是依赖比较合适。
而现在，因为奈欧斯的行为，绫波丽开始对于人类产生了异样的感觉——好奇。
这些某种意义上来源于她的生命，有着弱小的力量，却有着无比复杂的心理。
善良？罪恶？
相比依靠本能活动的动物们，人类的心恐怕连他们自己都搞不明白。
想到这里，绫波丽的眼前闪过了一道道身影。
那是她以人类的姿态生活的这几年接触的人类。
nerv的工作人员，碇源堂、冬月、碇真嗣、明日香、李林等等。
很多人，他们也有着各式各样的面貌和心理。
那么，什么才是真正的人类？
哲学的问题开始诞生，却终究得不到答案。
绫波丽暂时放弃了思考这个问题, 却没有抛弃，只是将其埋入了心中。
时间就这么一天天过去。
在这期间, 之后的使徒也接二连三的袭来。
第十五使徒鸟天使，第十六使徒子宫天使，第十七使徒自由天使。
他们的进攻方式各式各样，有的从外太空对人类直接展开精神呢攻击，有的以光带的姿态侵蚀eva，也有的以人类的姿态，直接出现在了基地中。
他们，也迎来了各式各样的死亡。
只是自由天使——化名为渚薰，来到了基地中，和碇真嗣结下了友谊，甚至还和李林有过一段对话。